Lê Nghi Dân lớn lên, ngầm nuôi chí khác, nhòm ngó Hoàng vị. Bấy giờ, Lê Nhân Tông vốn tính tình nhân từ, luôn coi Nghi Dân là chỗ thân tình nên không nghi ngờ gì.[5]

Ngày 3 tháng 10 năm Kỷ Mão (1459) Lê Nghi Dân cùng viên chỉ huy sứ Lê Đắc Ninh, là người chỉ huy vệ binh làm nội ứng, cùng các thủ hạ tin cậy là Phạm Đồn, Phan Ban, Trần Lăng và hơn 100 quân ban đêm bắc thang chia làm ba đường vào cung cấm giết chết Lê Nhân Tông ở tẩm điện. Hôm sau, nhóm quân đó giết chết cả Hoàng thái hậu.[5]